Das Institut für Hygiene besteht aus zwei Lehrstühlen bzw. Bereichen.

Direktor des Instituts für Hygiene ist Univ.-Professor Dr. rer. nat. Dr. h. c. Helge Karch. 

Wir haben den Institutsbereich 'Krankenhaus- und Umwelthygiene': Direktor Univ.-Professor Dr. rer. nat. Dr. h. c. Helge Karch und den Institutsbereich 'Mikrobielle Genomplastizität – Molekulare Infektionsbiologie' Direktor: Univ.-Professor Dr. rer. nat. Ulrich Dobrindt.

Darüber hinaus gehört zum Institut die Gruppe 'Biomedizinische Massenspektrometrie' Leitung: Professor Dr. rer. nat. Klaus Dreisewerd. 

Die Infrastruktur des Instituts umfasst Methoden der klassischen Mikro- und Molekularbiologie, der mikrobiellen Genomik sowie der mikroskopischen Bildgebung und der Massenspektrometrie. An der curricularen und nicht-curricularen Lehre sind Mitarbeiter aller Institutsbereiche und Abteilungen beteiligt.