Unser Institut wurde 1959 als erstes medizinhistorisches Seminar der Westfälischen Wilhelms-Universität, gegründet. Sein erster Direktor war Professor Dr. Karl Eduard Rothschuh (1908-1984), dessen Arbeiten auf den Gebieten der Wissenschafts- und Medizingeschichte, der Theorie der Medizin und Biologie sowie der Naturphilosophie die Einrichtung und ihre Mitarbeiter bald international bekannt machten.
Rothschuhs Lehrstuhl übernahm 1974 sein Schüler Professor Dr. Richard Toellner, der den Ausbau und die breite wissenschaftliche Orientierung des "Instituts für Theorie und Geschichte der Medizin" - so seine Bezeichnung seit 1976 - fortsetzte und um die Disziplin der medizinischen Ethik ergänzte. Nach Toellners Emeritierung (1995) leitete das Institut acht Jahre lang kommissarisch sein Schüler und Mitarbeiter Professor Dr. Dr. Peter Hucklenbroich.
Im Jahr 2003 widmete die Fakultät den Lehrstuhl zu einer Professur für "Ethik in der Medizin" um und besetzte ihn mit Professor Dr. Bettina Schöne-Seifert. Gleichzeitig erfolgte eine erneute Namenserweiterung des Instituts - nun auf "Ethik, Geschichte und Theorie der Medizin". Die Medizintheorie wird schwerpunktmäßig von Professor Dr. Dr. Peter Hucklenbroich, die Medizingeschichte durch Professor Dr. Hans-Peter Kröner vertreten. So kann die Fächer-Trias, die seit 2004 auch zu einem obligatorischen Querschnittsfach in der Ausbildung der Mediziner wurde, in Münster in Lehre und Forschung - nicht zuletzt dank einer wachsenden Zahl an Mitarbeitern - in vollem Umfang gelehrt und vertreten werden.